Tal como su predecesor, Super Smash Bros. Melee difiere de los tradicionales juegos de lucha en el hecho de que infligir daño al oponente no garantiza la victoria. En vez de eso, los jugadores deben empujar a sus oponentes fuera de los límites del escenario. La mayoría de los ataques infligen daño y pueden, si se causa suficiente daño, empujar lejos al oponente. La energía de cada personaje es contada por un medidor que representa el daño recibido en la forma de un porcentaje. Mientras más alto sea el valor del porcentaje, más lejos puede el personaje ser empujado y más fácil es echarlo del escenario. Al contario de otros juegos del mismo género, se puede tener acceso a la mayoría de los movimientos en el juego tras presionar un botón, en conjunto con una inclinación de la palanca.

Durante las batallas, distintos objetos relacionados a juegos o productos de Nintendo caen en el campo de batalla. Estos objetos tienen funciones, las cuales van desde infligir daño al oponente hasta restaurar la energía del personaje que los utilice. Adicionalmente, la mayoría de los escenarios tienen relación con alguna franquicia o algún juego específico de Nintendo, e interactúan con el jugador. A pesar de que los escenarios se muestran en tres dimensiones, los jugadores sólo pueden moverse en dos dimensiones. No todos los escenarios están disponibles desde el principio; algunos escenarios deben ser "desbloqueados" luego de lograr requisitos particulares.